Le Totemisme se caractérise par la croyance en la connexion entre l'origine d'un groupe ou d'un clan et un totem défini, le plus souvent un animal. Le loup et le cerf sont les totems les plus familiers. Selon l'histoire secrète des mongols, la lignée de Chinggis Khaan descend de l'union de ces deux créatures. Le cerf est majoritairement représenté sur les sculptures de l'Age de bronze, notamment les monuments trouvés dans le nord du pays. La célèbre broderie en feutre trouvée dans la tombe de Noyon Uul et datant de la periode des Huns indique de manière quasi-certaine le symbolisme religieux premier du culte du cerf.

Le loup est moins communément représenté dans l'art préhistorique, mais la coutume de traiter le loup comme une créature sacrée a plus ou moins persisté jusqu'à aujourd'hui. Il est considéré de bon augure de rencontrer un loup, surtout lors d'un voyage ou en cherchant des animaux égarés. Bien qu'aujourd'hui des populations de loups soient abattues pour protéger le bétail, tuer un loup fut longtemps considéré tabou. L'adoration des Ours fût également commune parmi quelques groupes ethniques, particulièrement ceux peuplant la Sibérie de l'Est pour qui ils représentaient le principal symbole totémique. Les anciens Mongols auraient adoré les ours en attachant une image de la tête de l'ours sur les poteaux de leur maison et en dansant autour d'elle.