Les premiers temples bouddhistes en Mongolie ont été construits durant la période des Huns, qui débuta lors du 3ème siècle avant J.C. De l'an 330 à l'an 550 après J.C., dans la période de Mongol-Nirun, le Bouddhisme etait devenu la religion officielle de l'état, et plus de dix rois se virent donner des titres bouddhistes honoraires. Pourtant le Bouddhisme n'était pas pratiquer par les gens du peuple, qui continuaient à suivre les pratiques ancestrales chamanistes. Le bouddhisme redevint la religion de l'état Mongol pour la seconde fois pendant la période de l'Empire Yuan, quand Kubilai Khaan a fait de Lama Pagva le maître spirituel de la Nation. Après l'effondrement de l'Empire Yuan, cependant, le chamanisme redevient la religion la plus populaire.

Au 16e siècle, le Bouddhisme redevînt la religion d'état de la Mongolie pour la troisième fois. En 1587, Altan Khaan fût le premier à donner le titre de Dalai Lama, signifiant «océan de sagesse», à Sodnomjamts, le leader de la "secte jaune" du bouddhisme tibétain. Pourtant le bouddhisme ne fût réellement pratiqué par les gens du peuple qu'à partir du 19ème siècle. Le sommet du développement du Bouddhisme en Mongolie fut atteint à la fin du 19ème siècle - début du 20ème. Avec le support des Manchus plus de 700 monastères ont été construits à travers le pays, accueillant plus de 30,000 lamas. Les Manchus avaient comme politique d'encourager la diffusion du bouddhisme en Mongolie en partie dans le but d'anéantir la culture locale, et en partie comme un moyen de minimiser l'opposition politique potentielle à leur régime, en s'assurant qu'une grande proportion de la population mâle ait été engagée dans les monastères. Au début du 20ème siècle, on dénombrait 115,000 lamas en Mongolie, correspondant à 20% de la population totale et à plus d'un tiers de la population mâle du pays. Les jeunes garçons étaient typiquement inscrits dans les monastères dès l'âge de cinq ou six ans, où ils étaient élevés sous le tutorat de vieux lamas.

En 1911, la Mongolie est devenue un état religieux indépendant avec le 8ème Bogd Khan comme dirigeant. A la suite de la révolution populaire de 1921, le Bouddhisme commença toutefois à décliner, et dans les années 1930 et 1940, presque la totalité des monastères mongols fûrent détruits par le gouvernement dans un effort pour abolir la religion de l'état.

La forme du bouddhisme pratiquée en Mongolie a extrêmement été influencée par les pratiques rituelles et mystiques du Tantrisme, reflétées surtout dans la croyance dans le pouvoir surnaturel des mots sacrés. Cette croyance prend la forme de livres ou drapeaux imprimés et de mantras récités. Dans "la secte jaune" du bouddhisme, le livre est l'objet le plus sacré. Il est la source de sagesse aidant l'Homme à échapper à sa souffrance. En cas de maladie ou de malheur, ainsi qu'aux périodes indiquées par les tables astrologiques, les Mongols considèrent opportun de lire ou de faire lire par des lamas des livres en particulers. Typiquement, ce n'est pas le livre entier qui est lu mais le dharani, des séries de textes et de syllabes magiques qui renferment l'essence du livre en question. Chaque famille considére qu'il est de très bonne augure d'être en possession d'un sutra religieux, qui est plié dans un tissu et gardé précieusement dans l'arrière de la yourte. Seul un Lama est autorisé à toucher ce sutra. Ainsi il n'est jamais lu comme tel, mais conservé en symbole de son contenu, lequel est considéré comme ayant de l'influence en fonction qu'il soit lu ou pas.

Les Mongols croient également que placer un drapeau de prière (khiimoriin dartsag) sur un poteau à l'arrière de leur yourte leur apportera soutien dans leur vie quotidienne. Les mots inscrits sur leur drapeau sont supposés être "activés" par le souffle continu du vent. De la même manière les prières peuvent être activées en portant un livre à sa tête, ou en tournant la roue d'un moulin à prière, un appareil cylindrique contenant des centaines de prières.