La chute de l'empire mongol causa une sérieuse crise dans la société mongole. Cette période est appelé « l'âge des sous monarches » en historiographie. En effet, les dirigeants de la Mongolie après 1368 régnait peu de temps et était en crise permanente avec la noblesse. Le khan perdit une grande partie de ses pouvoirs. Les seigneurs locaux commencèrent à prendre de l'autonomie dans leurs affaires. La seule ancienne nation mongole se désagrégea. Les Oirads firent sécession et formèrent leur propre monarchie. La Mongolie se sépara en une partie est et une partie ouest. La partie est se sépara elle-même en territoire intérieur et territoire extérieur. Les oirads étaient assez actifs et faisaient parfois des incursions en Asie centrale.

La langue mongole se fragmenta également en plusieurs dialectes distincts, qui devinrent plus tard des langues. Toutefois, la période 15-17ème siècle fut marqué par des disciples marquants et des poètes. Par exemple, le prince Tsogt n'était pas seulement un combattant mais aussi un poète et philosophe. Le boudhisme arriva en Mongolie au 16ème siècle. En 1572, le khan Altan se convertit au bouddhisme, rejetant ainsi les vieilles croyances chamanistes. Le bouddhisme enseigna aux mongols la littérature, la philosophie, la théologie et les sciences naturelles.

La suprématie du khan était limité dans la Mongolie post impériale. 22 khans dirigèrent la Mongolie entre 1370 et 1634. Le prince Oirad s'empara du trône en 1450 brisant ainsi la tradition des descendants de Chinghis. Cinq ans plus tard, la dynastie fut restaurée. En 1470, le khan Batmönh unifia la Mongolie pour 40 ans. Mais sa mort entraîna une plus grande séparation.

La période du 15-17ème siècle marqua la naissance de nombreux documents légaux par les seigneurs mongols. Pendant l'empire, la grande loi Yasa dirigea seule la société. Donc quand chaque prince voulait devenir indépendant ils produisaient de nombreuses lois et d'autres documents contraignant. Par exemple, le code légal du khan Altan était en vigueur dans la région Tumed. « La loi Mongole-Oirad » et « Le Code Religieux » font partie des plus importants.

En 1575, les mandchous arrivèrent et assaillirent la dynastie chinoise Ming. Leur leader Nurhach déclara son royaume Ching en 1616. L'armée mandchou envahit la Mongolie et firent pression sur les seigneurs mongols.

En 1636, le conseil des princes de la Mongolie de l'intérieur admirent leur défaite et reconnurent l'autorité de l'empereur mandchou. Le dernier de la lignée de Chinghis, le khan Ligden résista aux Mandchous jusqu'à sa mort en 1634. Ce fut la fin d'une grande dynastie. Cette situation s'aggrava car certains mongols joignirent l'armée mandchou pour partager leurs victoires. En 1691, les princes de Mongolie extérieure décidèrent d'accepter la domination de l'empire mandchou, naissant la Zungaria seule province indépendante de Mongolie.