Les manchous conquirent la Mongolie intérieure et extérieur, en les incorporant à leur empire. L'empereur mandchous devint alors le souverain de la Mongolie. Quoi qu'il en soit la majorité des nobles mongols gardèrent leur titre. Le gouvernement Ching réorganisa l'administration de la Mongolie intérieure avec son accord.

Les 24 provinces de Mongolie intérieure furent divisés en 6 régions. L'empire Ching choisit un gouverneur pour la Mongolie extérieure qui résida dans le ville de Uliastai. Il y avait également un autre gouvernement dans la ville de Ih Huree qui gérait la Mongolie intérieure. Quand la Mongolie de l'ouest succomba finalement au mandchous, ces derniers établirent le gouvernement Howd en 1725. Le gouvernement mandchou forma les quatre provinces, la province du khan Sain en hommage à sa contribution dans la guerre contre les oirads.

Quand les mongols se convertirent au bouddhisme en 1639, ils élirent un supérieur à la tête de l'Eglise Bouddhiste, sous le titre de Bogd. Le Bogd était responsable des affaires religieuses et quand les mandchous arrivèrent, ils le gardèrent comme le dirigeant bouddhiste officiel. Un ministère spécial qui contrôlait les actes du Bogd et les cérémonies bouddhistes. C'est ainsi que l'empire Qing créa une administration extrêmement élaborée, des taxes et des arrangements politiques pour la Mongolie intérieure et extérieure.

Les mongols résistèrent à l'impérialisme mandchou au moyen de rebellions et de mutineries. En 1755, un grand nombre de mongols menèrent une attaque qui encercla la Mongolie de l'ouest. Parmis les rebelles il y avait le boshigt Galdan, Amarsanaa et Chingunjav. L'attaque fut un succès au début mais les manchous prirent le dessus par la suite et punirent sévèrement les mutins. Amarsanaa fuit la Mongolie et trouva refuge en Russie où il mourut. Les autres furent exécutés.

Les lois mandchous en Mongolie recouvraient tout les aspects de la vie mongole. « Halh Juram » qui passa entre 1709 et 1795 fut le document légal de cette époque. Il y avait aussi « les écrits légaux de la Mongolie intérieure » qui passèrent en 1817. Il s'agissait de 63 volumes de diverses causes légales.

A l'époque de la domination mandchou, la littérature mongole connut un renouveau. Les poètes et les écrivain produirent de remarquable écrits religieux et séculaires. Le plus fameux était le moine Danzanrawjaa qui vécut au 19ème siècle et fut un grand dramaturge. La plus connue de ses œuvres fut « Saran höhöö ».

Le gouvernement mandchou étouffa n'importe quelle idée d'autonomie en Mongolie. Par conséquent la Mongolie passa l 19ème siècle comme une région mineure de l'empire Qing.